سید محمود دعایی از دوستان و همراهان حاج احمد خمینی در گفت‌و‌گو با شماره ۳۸ هفته‌نامه «صدا» در خصوص عملکرد حاج احمد آقا پس از رحلت امام می‌گوید: «در جریان رحلت، حاج احمد آقا زیباترین حرکت ممکن را در مسیر آرمان پدر انجام داد. دکترین پدر ولایت‌فقیه و حکومت اسلامی بود و او در تحکیم این دکترین و در تحقق تعیین شایسته ولی‌فقیه بعد از پدر، بیشترین فداکاری را کرد و بعد از این‌که ولی‌فقیه تعیین شد، صادقانه خودش را به عنوان یک خادم و پیرو مطرح کرد و آنچه در اختیار داشت، در اختیار ولی‌فقیه بعدی قرارداد؛ حتی منزل موروثی‌ای را که از پدر مانده بود. منزل امام در قم به عنوان یک مرکز فرهنگی، یک مرکز بزرگ اجتماعی و یک مرکز بزرگ حکومتی مطرح بود. این منزل به صورت ارث به احمد آقا و خواهرانش رسیده بود. حاج احمد آقا خواهران را راضی کرد که این منزل را در اختیار ولی‌فقیه زمان قرار دهند، آن را به مقام معظم رهبری منتقل کرد و با کمال پاک‌دستی و امانت‌داری زندگی کرد. امام در دوران مرجعیت و زعامت‌شان چه‌بسا در تمام تاریخ تشیع، از متمکن‌ترین و صاحب‌اختیارترین مراجع بود. ایشان فقیهی جامع‌الشرایط و مرجعی بود علی‌الاطلاق. جهان تشیع قبولش کرده بود و سیل وجوهات به طرفش جاری بود. در کنار آن امکانات دیگری هم وجود داشت که امام می‌توانست به‌عنوان رهبر و پیشوا علی‌الاطلاق از آنها استفاده کند. وقتی که امام از دنیا رفتند، آنچه در اختیارشان بود، شامل وجوهات، حساب‌های بانکی مربوط به امام، نقدینگی‌ها اعم از ریالی و ارزی، و اموال دیگری که مربوط به رهبری امام بود، در اختیار حاج احمد آقا قرار گرفت. احمد آقا ظرف ۲۴ ساعت تمامی آنچه در اختیار داشت، به جامعه مدرسین حوزه علمیه قم واگذار کرد که مدیریتش با آیت‌الله العظمی فاضل لنکرانی و سایر بزرگانی بود که در حد مرجعیت بودند. ایشان تمام وجوه را منتقل کرد؛ یعنی بعد از ۲۴ ساعت حاج احمد آقا به طلبه‌ای تبدیل شد که هیچ ندارد و بایست از مسیر حوزه ارتزاق کند و برایش شهریه تعیین کنند. این برای ما بزرگ‌ترین درس است که جانشین پیشوایی که در آن حد از تمکن، اقتدار و توانایی مالی بوده، خودش را به حق در این جایگاه قرار دهد. بعد از آن هم ایشان اوامری را که رهبری داشتند، می‌پذیرفت. به دستور آقا، ایشان تولیت آستان پدرش را پذیرفت و در این مسیر بود.»
* دوره انزوا و ریاضت
سید محمود دعایی درباره سال‌های پایانی زندگی حاج احمد خمینی می‌گوید: «حاج احمد آقا در اواخر عمر، خودش را در شرایطی قرارداد که کاملاً پالایش شد. سعی کرد خودش را از آنچه تصور می‌کرد آلودگی‌های سیاسی و اجتماعی است، پالوده و پاک کند، دورانی را به ریاضت می‌گذراند، از اجتماعات فاصله می‌گرفت، به دهاتی در اطراف شهرستان قم می‌رفت و در منطقه‌ای به صورت گمنام محل محقری را انتخاب کرد و سعی می‌کرد در آنجا با حداقل‌ها زندگی‌اش را بگذراند. عبادت می‌کرد، شب‌ها بیدار بود و با خدا راز و نیاز داشت و سعی می‌کرد آنچه را فکر می‌کند به‌عنوان ناشایستگی‌های اخلاقی و رفتاری در وجودش بوده پاک کند، خودش را پالایش و آماده ملاقات با حضرت حق کند. سعادتی که حاج احمد آقا در زندگی‌اش داشت این بود که در سفری که با مرحوم اخوی‌اش به سوریه و لبنان رفته بودند، با شخصیتی مواجه شدند که به او الهاماتی می‌شد. در نشستی که مرحوم حاج آقا مصطفی، مرحوم حاج احمد آقا و آقای سید محمد موسوی بجنوردی بودند، این شخصیت به آنها نزدیک شد؛ ابتدا به حاج آقا مصطفی رو کرد و از ایشان مشخصیاتی پرسید و گفت شما به هدفی که دارید، نمی‌رسید و تا چند ماه دیگر از دنیا خواهید رفت. این برای حاج آقا مصطفی خیلی گران آمد که یک نفر مرگ و ناکامی‌اش را در اهدافش پیشگویی کند. آن شخص درباره آقای بجنوردی هم سخنی گفت که پیش‌بینی بدی نبود و وقتی به حاج احمد آقا رسید، به او گفت تو به همه اهدافت می‌رسی و موفق خواهی شد؛ در واقع او همه موفقیت‌ها و پیروزی‌های بعد او را در کنار امام پیش‌بینی کرده است. آنها اعتنایی نمی‌کنند، اما وقتی ماجرای رحلت حاج آقا مصطفی رخ می‌دهد، حاج احمد آقا به فکر فرو می‌رود که این شخص که بود که چنین پیش‌بینی‌ای کرد. خیلی هم دلش می‌خواست او را دوباره ببیند، اما دیگر نمی‌توانست. تا اینکه بعد از رحلت امام، حاج احمد آقا در سال پایانی حیاتش باخبر می‌شود که این شخص در جماران است. سراسیمه به تنهایی، بدون محافظ و راننده خودش به سراغ این شخص می‌رود، لحظاتی با هم می‌نشینند و او به حاج احمد آقا می‌گوید تو عید امسال را درک نمی‌کنی؛ یعنی ایشان پنج شش ماه قبل از رحلتش این پیش‌بینی را شنیده بود. این برای انسان موفقی که در زندگی یار و یاور پدرش بود، سعادتی بود.»