آیت‌الله صافی تحصیل ادبیات عرب، کلام، تفسیر، حدیث، فقه و اصول را تا پایان سطح، در زادگاه خود به سرانجام رساند و آنگاه به قم رفت و از محضر آیات عظام: محمدتقی خوانساری، حجت کوه‌کمره‌ای، صدر، بروجردی و سید محمدرضا گلپایگانی استفاده کرد و سپس راهی نجف اشرف شد و در درس حضرات آیات: محمدکاظم شیرازی، جمال‌الدین گلپایگانی و کاظمی خراسانی حضور یافت. از این میان استادی که در ساختار شخصیت علمی و فکری ایشان اثر بسیاری گذاشت، آیت‌الله العظمی بروجردی است که مدت هفده سال در دروس و مباحث رسمی آن مرجع استفاده کرد و از اصحاب خاص استفتای ایشان بود و در موارد بسیاری، پاسخ به مسائل مهم و یا تحقیق برخی از مباحث را به ایشان ارجاع می‌فرمود و مدتها از جانب آن بزرگوار امتحان خارج طلاب و فضلا را بر عهده داشت. توانایی ویژه علمی آیت‌الله صافی موجب شد آیت‌الله بروجردی پاسخگویی به سؤالات فقهی و کلامی و همچنین نگارش کتاب «منتخب‌الاثر» را به وی واگذار کند. او همچنین از مشاوران نزدیک و اصحاب شورای استفتای آیت‌الله بروجردی بود.
تدریس و تحقیق آیت‌الله صافی در رشته‌های فقه، اصول، کلام، حدیث و رجال و نگارش آثاری در این ابواب، موجب شد که عالمان بزرگی همچون مرحومان: سید جمال‌الدین گلپایگانی، بروجردی، امام خمینی و سید محمدرضا گلپایگانی، بر مراتب علمی او تأکید کنند و آیت‌الله گلپایگانی در وصیتنامه خود، وی را «مجتهد مسلم و عادل» بخواند. بدین ترتیب پس از درگذشت آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی در سال ۱۳۷۲ش، ایشان به عنوان مرجع تقلید شناخته شدند. عضویت در مجلس خبرگان قانون اساسی و دبیری شورای نگهبان نیز در کارنامه ایشان درج است.
آثار علمی
آیت‌الله صافی با وجود تدریس و برخی اشتغالات علمی، یکی از پرکارترین نویسندگان نیز بودند که بیش از ۱۵۰ عنوان کتاب به زبان‌های فارسی و عربی دارند و برخی از آنها به زبان‌های انگلیسی و اردو ترجمه شده است؛ از جمله:
١. منتخب الأثر فی الامام الثانی عشر(ع)
٢. مع الخطیب فی خطوطه العریضه.
٣. صوت الحق ودعوه الصدق.
٤. لمحات فی الکتاب و الحدیث و المذهب.
٥. بیان الاصول (سه جلد).
٦. أمان الامه من الضلال والاختلاف.
٧. العقیده بالمهدیه.
۸. جلاء البصر لمن یتولی الائمه
الاثنی عشر(ع).
۹. القرآن مصون عن التحریف.
۱۰. رساله قیمه حول عصمه الأنبیاء والأئمه(ع).
۱۱. عنوان صحیفه المؤمن.
۱۲. سبط المصطفی(ص).
۱۳. ارث الزوجه.
۱۴. التعزیر؛ أحکامه و ملحقاته.
١۵. الاحکام الشرعیه ثابته لا تتغیر.
۱۶. مع الشیخ جاد الحق فی ارث العصبه (مسأله التعصیب).
۱۷. إیران تسمع فتجیب.
۱۸. رساله فی حکم نکول المدعی علیه عن الیمین.
۱۹. حدیث افتراق المسلمین علی ثلاث و سبعین فرقه.
۲۰. من لهذا العالم؟
۲۱. رساله فی تفسیر آیه التطهیر.
۲۲. رساله فی ضروره وجود الحکومه أو ولایه الفقهاء فی عصر الغیبه.
۲۳. بحث حول الاستقسام بالأزلام (مشروعیه الاستخاره).
۲۴. بین العلمین الشیخ الصدوق و الشیخ المفید.
۲۵. رساله القرعه.
۲۶. النقود اللطیفه علی الکتاب المسمی بالأخبار الدخیله.
۲۷. رساله فی البداء.
۲۸. الی هدی کتاب الله.
۲۹. فقه الخمس.
۳۰. فقه الحج (چهار جلد).
۳۱. البکاء علی الإمام الحسین(ع).
۳۲. تفسیر آیه الإنذار.
۳۳. هدایه العباد (دو جلد).
۳۴. جامع الأحکام (دو جلد).
۳۵. ولایت تکوینی و ولایت تشریعی.
۳۶. پرتوی از عظمت امام حسین(ع).
۳۷. شهید آگاه.
۳۸. الهیات در نهج البلاغه.
۳۹. رساله فی معاملات مستحدثه.
۴۰. نیایش در عرفات.
۴۱. راه اصلاح یا امر به معروف و
نهی از منکر.
۴۲. سیر حوزه‌های علمی شیعه.
۴۳. نوید امن و امان.
۴۴. پاسخ به ده پرسش.
۴۵. سفرنامه حج.
۴۶. عالی‌ترین مکتب تربیت و اخلاق یا ماه مبارک رمضان.
۴۷. اصالت مهدویت.
۴۸. تجلی توحید در نظام امامت.
۴۹. پیرامون معرفت امام.
۵۰. عقیده نجات‌بخش.
۵۱. به سوی دولت کریمه.
۵۲. ندای اسلام از اروپا.
۵۳. به سوی آفریدگار.
۵۴. انتظار، عامل مقاومت و حرکت.
۵۵. فروغ ولایت در دعای ندبه.
۵۶. وابستگی جهان به امام زمان(عج).
۵۷. معرفت حجت خدا.
۵۸. در آرزوی وصال.
۵۹. زندگانی بوداسف.
۶۰. اعتبار قصد قربت در وقف.
۶۱. تفسیر آیه فطرت.
۶۲. زندگانی جابر بن حیان.
۶۳. پیرامون روز تاریخی غدیر.
۶۴. مقدمه‌ای بر ترجمه کتاب «مقتضب الأثر».
۶۵. امامت و مهدویت.
۶۶. حول دیات ظریف ابن‌ناصح.
۶۷. شرح حدیث عرض دین.
۶۸. رمضان در تاریخ (حوادث تاریخی).
۶۹. نگرشی بر فلسفه و عرفان.
۷۰. معارف دین (سه جلد).
۷۱. باورداشت مهدویت.
۷۲. استفتائات پزشکی.
۷۳. استفتائات حج (مشتمل بر هزار مسأله).
۷۴. حاشیه بر عروه الوثقی.
۷۵. حدیث بیداری (مجموعه پیام‌ها).
۷۶٫ صراط مستقیم.
۷۷٫ فخر دوران.
۷۸٫ ارمغان مشهد.
۷۹٫ زن در پرتو اسلام.
بر این مجموعه با افزود مقالات و اشعار پراکنده‌ای در نشریات مختلف را؛ از مقاله‌ای در نشریه کتابخانه مسجد اعظم قم در سال ۱۳۴۴ش درباره حکومت اسلامی از نگاه قرآن کریم، تا اشعاری مانند «منظومه اهل دل» که در سال ۱۳۹۰ در مجله پاسدار اسلام به چاپ رسید. «فروغ زیارت»، حاوی سروده‌های ایشان است در مدح ائمه و بزرگان شیعه. بخشی از شعر ایشان درباره حضرت معصومه(س)، در ضریح آن حضرت حکاکی شده است.
مشغولیت‌های علمی و دینی و امور مرجعیت، ایشان را از توجه به امور اجتماعی و سیاسی بازنمی‌داشت، به گونه‌ای که در مواردی نامه‌هایی به نیز مسئولان داخلی و خارجی می‌نوشتند؛ از جمله:
ـ تأکید بر لزوم چاپ قرآن کریم با رسم‌الخط فارسی، مهر ۱۳۸۷
ـ اعتراض به کشتار مسلمانان در چین؛ تیر ۱۳۸۸
ـ در فروردین ۱۳۹۰ در پیامی به شاه عربستان، از او خواست هر چه زودتر بحرین را ترک نموده و از مردم بحرین و تمام مسلمانان جهان عذرخواهی کند.
ـ اعتراض به سختگیری‌ها علیه مسلمانان در چین؛ آذر ۱۳۹۳
ـ محکومیت سلب تابعیت شیخ عیسی قاسم، از رهبران شیعه بحرین در تیر ۱۳۹۵
ـ فتنه خواندن داعش؛ خرداد ۱۳۹۵.
ـ اعتراض شدید به شهادت شیخ باقر النمر در عربستان
ـ اعتراض به شهادت مسلمانان افغانستان به دست طالبان، ۲۴ تیر ۱۴۰۰.
ـ تأکید بر استقلال حوزه‌های علمیه
ـ تأکید مکرر بر استقلال قاضی و قوه قضائیه (قاضی نباید از هیچ قدرتی دستور بگیرد، استقلال قوه قضائیه ضامن بقای نظام است)
ـ اعتراض به فقر و گرانی و تورم و ربا
ـ تأکید بر رعایت احکام شرع در اقدامات فرهنگی و هنری
اکبر عزیزی تادیر نشده،تکلیف را روشن کنید