ب) اعتبار منابع: آنچه به عنوان یک اصل در استناد به منابع مختلف مورد اهتمام بوده است، اعتبار منبع و اعتماد نسبی به آن است؛ چنان که انتشار عمومی و در دسترس‌بودن نیز به عنوان یک اصل به کار گرفته شده است؛ با این حال، در تولید پرونده‌های علمی مدخل‌ها و نیز در نگارش مقاله‌ها که هیچ‌گاه محدود به منابع و مطالب آن پرونده‌ها نبوده است و نویسندگان به‌درستی از منابع فراوان دیگر نیز بهره برده‌اند، در مواردی به برخی پایگاه‌های اینترنتی یا منابع تولیدی که دانشنامه از طریق گفتگو به دست آورده، استناد شده است و این امر به دلیل محدودیت ناشی از معاصربودن موضوع بخشی از مدخل‌ها به‌ویژه در قلمرو تاریخ و رویدادها و شخصیت‌های معاصر، و مدون نبودن بخشی از این منابع، بوده است.
از سوی دیگر، بخش معتنابهی از منابع مقاله‌ها در بخشهایی که به‌گونه‌ای در قلمرو مسائل تاریخی و رویدادها یا حتی شخصیت‌ها قرار می‌گیرند، خاطرات مختلف است که در سالهای پس از پیروزی انقلاب، در قالب کتاب، مقاله یا گفتگو منتشر شده است. خاطره‌گویی و خاطره‌نگاری، از نظر اعتبار و جامعیت، طبعا ویژگی‌های خود را دارد و صرف نظر از سلیقه‌ها و گاه حب و بغض‌هایی که ناخواسته و چه بسا خواسته، در چگونگی بیان خاطرات نقش دارد، میزان اعتبار آنها به عوامل دیگری مانند میزان دقت و حافظه شخص نیز بستگی دارد؛ چنان‌که یکی از مشکلات نیز نتیجه‌گیری‌های «کلی» از برخی مصادیق موردی و «جزئی» است که در واقع به حدس و اجتهاد شخص برمی‌گردد و امری فراتر از خاطره‌گویی است؛ هرچند با ادبیات خاطره‌گویی بیان می‌شود. خاطراتی که درباره دوران مبارزه و پس از آن و نیز درباره سیره و شخصیت امام وجود دارد نیز از این قاعده بیرون نیست و برای نویسندگان و دست‌اندرکاران دانشنامه نیز مجال یا امکان بررسی تک‌تک موارد وجود نداشته است. در این دانشنامه گرچه تلاش شده است، به‌ویژه در مسائل مهم، به صرف برخی خاطرات بسنده نشود یا همراه با نوعی تحفظ بیان گردد، اما دست‌کم در این دست مسائل، در مواردی که شواهد اطمینان‌بخشی وجود نداشته باشد، طبعا باید بسته به موضوع و گوینده و شواهد احتمالی دیگر، به صورت نسبی اعتماد کرد؛ به‌ویژه که امام اهتمام ویژه‌ای در درستی مطالبی که به ایشان نسبت داده می‌شود، داشتند.
ج) آثار امام‌خمینی: تمام آثار منتشرشده امام، اعم از کتاب‌ها، رساله‌ها، سخنرانی‌ها، بیانات، پیام‌ها، نامه‌ها، اجازه‌نامه‌ها، حکم‌ها، تأییدیه‌ها، استفتاها و تقریرات تا آنجا که در دسترس بود، در شمار منابع ثابت دانشنامه امام‌خمینی است و در هر مقاله بسته به موضوع آن، از این آثار بهره برده شده است و طبیعی است که در این میان، «صحیفه امام» بیشترین ارجاع و استناد را به خود اختصاص داده است.
آثار نگارشی امام گرچه با همت و تلاش فراوان مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی در قم، با تحقیق جدید به صورت یکجا نیز در پنجاه جلد با عنوان «موسوعه الامام الخمینی» در سال ۱۳۹۲ منتشر شده است، اما در دانشنامه همان چاپهای مستقل این آثار منبع قرار گرفته است.
از جمله آثار امام، تقریرات بسیاری است که گروهی از شاگردان در سه موضوع اصول فقه، فقه و فلسفه، از درسهای امام نگاشته‌اند و بخش منتشرشده آن، یکی از منابع و مستندات پربسامد در دانشنامه است. تقریرات هرچند در شمار نگاشته‌های خود امام نیست، اما از آنجا که گزارشگر و بیان‌کننده مستقیم مطالب و دیدگاه‌های ایشان است، در همه موارد استناد، به نام خود ایشان ارجاع شده است و نه شخص مقرر. درباره تقریرات دیگران نیز نوعاً به همین شیوه عمل شده است. توجه به این نکته نیز لازم است که تقریرات فلسفه امام، گرچه گزارش مکتوب تدریس دو کتاب «شرح منظومه» سبزواری و «اسفار» ملاصدرا به قلم یکی از شاگردان شناخته‌شده امام است که خود امام آن را «بسیار خوب و جامع‌الاطراف» شمرده‌اند، ولی از آنجا که ایشان این دو کتاب، به‌ویژه اسفار را در سطحی اجتهادی تدریس و در موارد لازم، دیدگاه‌های خود را هنگام تدریس مطرح می‌کردند، در دانشنامه، همه آنچه در این تقریرات آمده، به نام ایشان ارجاع شده است؛ در واقع شرح درسی آن دو کتاب، گرچه با ادبیات و در چارچوب متن کتاب‌ها بوده، اما به عنوان مطالب مورد قبول و بیان‌شده امام به شمار رفته و طبیعی است که در بیشتر موارد با متن مطالب سبزواری و به‌ویژه ملاصدرا یکسان و همراستاست.
از سوی دیگر، در درستی انتساب برخی مطالب به امام که گاه از سوی برخی افراد و جریان‌های سیاسی به دلیل آنکه آن را به زیان خود دیده‌اند، با تردید‌افکنی روبرو شده، چنان‌که از سوی نهادهای مربوط و کار‌شناسان رسمی نیز بررسی شده و مورد تأیید و تأکید قرار گرفته و این‌جانب در مدخل «دستخط امام‌خمینی» به تفصیل از نگاه عمومی نشان داده و در موارد مورد مناقشه بر آن تاکید و استدلال کرده است، جای تردید نیست.
امام گرچه در دوره‌های مختلف زندگی خود، طبق رویه رایج در نوع بیوت مراجع تقلید و شخصیت‌ها از برخی افراد نزدیک خود نیز در نگارش یا پاک‌نویس کردن نوشته‌ها مانند اجازات و پیام‌ها اما با املا یا پیش‌نویس خود کمک می‌گرفته، یا پاسخ اولیه بخشی از استفتاها را برخی شاگردان نزدیک ایشان می‌نوشتند، ولی همه موارد را تنها پس از بازخوانی، امضا یا مهر می‌کردند و اساسا مناسبات حاکم در بیت و دفتر ایشان از آغاز مرجعیت تا پایان به گونه‌ای شکل گرفته بود که هیچ کسی از نزدیکترین افراد نیز نمی‌توانست بدون نظر و موافقت ایشان مطلبی را به‌ویژه به‌صورت مکتوب به ایشان نسبت دهد.
این در حالی است که افزون بر جایگاه حقوقی «مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی» در اظهار نظر درباره درستی و نادرستی مطالب منتسب به امام، در موارد خاص مورد مناقشه، شواهد و گواهان بر درستی انتساب آن مطالب به ایشان که در رسانه‌ها نیز منتشر شده، چنان است که جای هیچ تردیدی باقی نمی‌گذارد و استناد به آنها در مقاله‌های امام‌خمینی دانشنامه از استواری کامل برخوردار است و اگر کسانی با محتوای برخی مطالب امام موافق نیستند، می‌توانند با ایشان در خود محتوا مخالف باشند، اما پس از تأیید مؤسسه، هیچ جایی برای انکار یا تردید در اصل انتساب نیست.
د) منابع تازه و انتشارنایافته: تلاش شده است از منابع تازه‌ای نیز که در طول نگارش و تدوین دانشنامه منتشر شده است، مانند برخی خاطرات بهره برده شود؛ اما این امر با توجه به محدودیت زمانی، همه آثار جدید را در بر نمی‌گیرد و طبیعی است که این دست منابع، از جمله بخشی از آثار و خاطرات که هنوز منتشر نشده است، باید در ویرایش‌های بعدی دانشنامه مورد توجه قرار گیرد، مانند مجموعه «جرعه‌ای از دریا» اثر آیت‌الله‌العظمی شبیری زنجانی؛ چنان‌که باید آن بخش از اسناد و مدارک مربوط به امام نیز که در بایگانی «مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام‌خمینی» وجود دارد و هنوز انتشار عمومی نیافته است، تا آنجا که در چارچوب سیاست‌ها و مقررات کلی مؤسسه قرار می‌گیرد، در ویرایش‌های بعدی در شمار منابع دانشنامه قرار گیرد و مایه غنا و جامعیت فزون‌تر آن شود؛ امری که در قلمرو تدوین و نگارش کنونی قرار نداشته و آن اسناد در اختیار دانشنامه نبوده است؛ نیز یکی از منابع قابل توجه در دانشنامه، اسناد به‌جامانده از رژیم پهلوی است که به دست نیروی شهربانی یا ساواک فراهم آمده و تا کنون در قالب مجموعه‌های فراوانی منتشر شده است؛ ازجمله مجموعه ۲۲جلدی «سیر مبارزات امام‌خمینی در آینه اسناد به روایت ساواک» که در مقاله‌های متعدد دانشنامه از این مجموعه‌ها به فراوانی بهره برده شده است؛ اما به دلیل تنوع و لزوم کارهای تحقیقی در این دست منابع، از همه ظرفیتی که این اسناد در تدوین و تبیین تاریخ انقلاب اسلامی دارند، استفاده نشده و بیرون از توان و مجال دانشنامه بوده است […]
دانشنامه امام‌خمینی به‌رغم اهتمام و تلاش‌هایی که برای به حداقل‌رساندن کاستی‌های آن صورت گرفته، خالی از کاستی و اشکال نیست و این کاستی‌ها در ویرایش‌های بعدی، ازجمله با نقدهای عالمانه‌ای که صورت می‌گیرد، باید به حداقل برسد یا برطرف گردد؛ از این رو این دست ملاحظات و نقدها برای دانشنامه امری مغتنم است و امید می‌رود صاحب‌نظران و دلسوزان از آن دریغ نکنند و با انتشار عمومی نقد یا فرستادن خصوصی آن، در کاهش کاستی‌ها مشارکت کنند…
دکتر سیدمحمدکاظم سجادپور ریاست دورهای شورای امنیت انگارهها و دیدگاهها