مرحوم هاشمی رفسنجانی در خاطرات روزنوشت خود به ماجرای دلخوری سید محمد خاتمی از رئیس وقت دادگاه انقلاب پرداخته است.
مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی در خاطرات روزنوشت خود در روز یکم اردیبهشت ماه 1380 نوشت: در جلسه مجمع [تشخیص مصلحت نظام]، چند بند دیگر از سیاستهاىکلى امنیت ملى تصویب شد و به خواست اعضا، از قوه قضائیه آقایان [عباسعلی] علیزاده، رئیس کل دادگسترى تهران و آقاى [علی] مبشری، رئیس دادگاه انقلاب آمدند و توضیحاتى دربارۀ برنامه براندازى یا استحاله نظام توسط ملىمذهبىها دادند.
خیلى بیشتر از اعلامیه دیشب دادگاه انقلاب نبود؛ از قبیل ارتباط با [سیدابوالحسن] بنیصدر، [رئیسجمهور اسبق] و منافقین [=سازمان مجاهدین خلق] و آمریکا و تحریک دانشجویان و مطبوعات و تلاش براى بدنام کردن نظام و مسئولان و ناکارآمد جلوهدادن حکومت دینى، به منظور تغییر قانون اساسى، در جهت حذف ولایت فقیه و... و نمونههایى از اعترافات آنها. امروز بیانیه دادگاه انقلاب، انعکاس وسیعى در رسانهها داشته است.
آقاى [علی] لاریجانى، [رئیس سازمان صداوسیما] آمد و گفت، آقاى مبشرى آمادگى صدور بیانیه نداشت، به زحمت وادار شد؛ ولى امروز در جلسه مجمع، محکم صحبت کرد.
آقاى [سیدمحمد] خاتمى، [رئیسجمهور] هم که کنار من بود، ناراحت شد؛ قبلاً آقاى خاتمى به او اعتماد داشت. آقاى [سیدمحمود] هاشمىشاهرودى، [رئیس قوه قضائیه]، خواست که خبر تأییدآمیزى از مجمع داده شود که به صورت کمرنگ داده شد، ولى از دادگاه خواسته شد که بر مبناى حق و مصلحت عمل کند.