آیت الله موسوی خوئینی‌ها در یادداشتی در روزنامه اعتمادنوشت:برگزارکنندگان این انتخابات و انتخابات قبل و آن‌ها که در این دو دوره سر برآوردند گویا برای خودشان سهمی در پیدایش وضع اسفناک کنونی قائل نیستند؛ شاید هم این وضع را آنچنان اسفناک نمی‌دانند. احتمال دارد عامل تنگنا‌های طاقت‌فرسای کنونی را خیل عظیم مردمی بدانند که در انتخابات شرکت نکردند.
وی عتوان می‌کند:این گروه تبلیغات دشمنان خارجی را یکی از علل عدم مشارکتِ حداکثری معرفی می‌کنند و به اکثریت مردم این سرزمین که در انتخابات شرکت نکردند، تهمت همراهی با بدخواهانِ مُلک و ملّت و دین می‌زنند و گویی توجه ندارند که با این کار به ده‌ها میلیون شهروندی توهین می‌کنند که در میان‌شان دانشمندان، فرهیختگان، اساتید و دانشجویان حوزه و دانشگاه، متخصّصانِ دانش و فنّ، پزشکان، مهندسان، صاحبان حرفه‌ها و مشاغل، تجار و تولیدکنندگان و... نیز حضور دارند و همین علت‌یابی‌های دستوری و اهانت‌آمیز است که سبب فاصله بیش از پیشِ مردم با این شیوه حکمرانی می‌شود. با این‌گونه تحلیل‌ها و این قبیل تبیین موضوعات و مسائل کشور و از آن جمله انتخابات، آیا اکثریت مردم حق ندارند بگویند کسانی که بر سرنوشت ما و کشور ما و هویت ملی و دینی ما حکم می‌رانند، به جای قبولی ناکارآمدی خود در حکمرانی، ما را فریب‌خورده می‌خوانند و پروای اهانت هم ندارند؟! عده‌ای از شدت و گستردگی تبلیغات دشمنان علیه انتخابات سخن می‌گویند ولی باتوجه به انبوه تبلیغاتی که برگزارکنندگان انتخابات و طرفداران‌شان، به ویژه از طریق صداوسیما، برای توجیه و اقناع مردم به کار بستند -آنقدر زیاد که شاید گوی سبقت را از تمام انتخابات‌های پس از انقلاب اسلامی ربوده باشد- شایسته است که عدم مشارکت را به حساب هوشمندی مردم ایران بگذارند، نه به حساب تبلیغات دشمنان. یادآوری این نکته شاید مقبول افتد که تأمّل برای فهم درست امور، بهتر از توهین به دیگران است.
وی همچنین در یادداشت خود اظهار کرد: کسانی که میوه درخت رنجور انتخابات را چیده‌اند و از کشته خویش ناخرسندند و نمی‌خواهند بدانند که چه کرده‌اند و چه می‌کنند که کار انتخابات به اینجا کشیده شده و مهم‌تر از آن چرا کار مُلک و ملت و دین به اینجا رسیده است، گریبان کسانی را گرفته‌اند که با اکثریت همراهی و همدلی کرده‌اند، گویی می‌خواهند دست به هر کاری بزنند تا فاصله خود را با اکثریت که در امر حکمرانی، آرای آنان مُتّبع است، بیشتر کنند. یکی از این کار‌ها رفتاری است که نسبت به شخصیتی مانند جناب آقای خاتمی در پیش گرفتند، شخصیتی که در انتخابات سال ۱۳۷۶ ابر و باد و مه و خورشید و فلک را به کار گرفتند تا مردم به او رای ندهند، ولی اکثریت قاطع رای‌دهندگان او را انتخاب کردند. در دوران ریاست‌جمهوری او به جای آنکه حرمت انتخاب مردم را نگه دارند، هر از چندی مانعی بر سر راهش ایجاد کردند و البته با همه آن کارشکنی‌ها، طبق آمار، موفقیت‌های او از آن پس تکرار نشده است. اما همان کسانی‌که نعمت‌ها و فرصت‌های الهی را قدر ندانستند، آنقدر بر شیوه‌های مدیریت و حکمرانی خود که صرفا براساس آرزوهای‌شان و بدون توجه به ظرفیت‌ها و بدون درک عنصر زمان و مکان بود، پافشاری کردند که امروز باید با اقلیتی در حد ۳۰درصد یا کمی بیشتر از آن، تظاهر به خرسندی کنند.
آن‌ها باز هم بر شخصیتی که اگر امروز محبوب‌ترین نباشد دست‌کم یکی از محبوب‌ترین‌هاست، می‌تازند و نکته‌ای که از آن غافلند، این است که از این رفتار دور از انصاف و آدابِ انسانی با خاتمی، چه کسی زیان می‌کند.
وی درباره خاتمی نوشت: سال‌هاست که محدودیت‌های خبری و غیرخبری بر جناب آقای خاتمی اعمال می‌شود و بدگویانش از هیچ زشت‌گویی‌ای فروگذار نمی‌کنند و تنها عِرض خود می‌برند و راست این است که آن که زیان می‌بیند نه خاتمی که کسانی‌اند که بر شیوه نادرست مدیریت‌شان بر کشور اصرار می‌ورزند و خودشان و مردم را گرفتار مشکلات روزافزون کرده‌اند و بدین‌ترتیب از همان سی‌واندی‌درصد هوادار خود نیز می‌کاهند.ای کاش بدانند که در امر حکمرانی، پیروزی سرانجام با اکثریت است.
