رئیس قوه قضائیه درجلسه شورای عالی قضایی اعلام کرد: پس از وقوع حادثه بندرعباس  ، دستگاه های متعدد و شخصیت‌های حقیقی و حقوقی ‌ تحت تعقیب قرار گرفته و از عده کثیری تحقیقات به عمل آمد که حسبِ کارشناسی صورت گرفته، دستگاه‌ها و افرادی در این باره مقصر شناخته شده‌اند.
به گزارش میزان حجت‌الاسلام والمسلمین محسنی اژه‌ای، افزود :البته این قضیه باید مسیر خود را طی کند، لکن چنانچه موضوع نهایی شد، قطعاً به تقصیر آنهایی که مقصر هستند رسیدگی می‌شود و  در قبال کسانی که سهل‌انگاری کردند، در حد خودش، رسیدگی صورت می‌گیرد.
وی ادامه داد: طبق وظیفه دستگاه‌ها و با پیگیری ها، دیه تمامی ۵۸نفر متوفی این حادثه تأمین شده است؛ در این میان، دیه ۵۵نفر به حساب اولیاء‌دم واریز شده و پرداخت دیه ۳نفر دیگر هم در انتظار وصول مدارک مربوطه و در دست اقدام است. علاوه بر پرداخت دیه، مساعدت‌هایی هم به خانواده جانباختگان این حادثه صورت گرفته است.
 درگزارش کارشناسی، با توجه به مستندات ارائه شده؛ به بررسی عمیق ماهیت خطرناک کودهای شیمیایی، بازسازی فرضی حادثه، شناسایی مقصران احتمالی در سطوح مختلف و ارائه توصیه‌های جامع برای پیشگیری از تکرار چنین فجایعی پرداخته است . 
بر اساس نظریه کارشناسی، در ۹۲شاخص، ۲۱نهاد مسئول مقصر شناخته شده‌اند که شامل اداره کل بنادر و دریانوردی استان هرمزگان،صاحبان کالاهای صادراتی،گمرک  هرمزگان،بانک مرکزی،گمرک،وزارت بهداشت و درمان ،  وزارت راه و شهرسازی، وزارت صمت،سازمان حفاظت از محیط زیست،صاحبان کالاهای وارداتی،  سازمان بنادر و دریانوردی،شرکت‌های کشتیرانی،وزارت اقتصاد و امور دارایی،اداره محیط زیست هرمزگان،سازمان استاندارد کل کشور، سازمان پدافند غیر عامل کل کشور،شرکت توسعه خدمات دریایی و بندری سینا،بنیاد مستضعفان،  ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز،سازمان اموال تملیکی واداره کار استان هرمزگان است .
در این حادثه با عناوینی  چون عدم رعایت استانداردهای همجواری و واکنش کالاهای شیمیایی نسبت به یکدیگر، عدم نظارت و اجرای ساز و کار مناسب و کار مناسب برای تشخیص و هدایت کالاهای مختلف صادراتی و وارداتی، نگهداری حجم انبوهی از مواد شیمیایی مختلف در شرایط ناایمن و نظارت غیر مؤثر، عدم نظارت و عدم ایجاد ساز و کار برای تشخیص و هدایت کالاهای مختلف صادراتی و وارداتی، ضعف در اجرای الزاماتHSE، بالاخص برای مواد شیمیایی، بی توجهی به اخطارها و گزارش‌های ایمنی پیشین درباره وضع  نگهداری کالاها، عدم بررسی کالا در فرآیندهای گمرکی، عدم پیاده سازی سیستم موقعیت یاب و رهگیری آنلاین کالاها، ضعف در عملکرد سامانه‌های الزامی قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز، نبود برنامه زمانبندی برای ترخیص اولویت دار کالاهای حساس و مواد شیمیایی، ضعف در تدوین دستورالعمل نظارت و اجرای برچسب گذاری مواد شیمیایی، ضعف نظارتی در حوزهHSE بر بنادر و اپراتورها، تعلل در ترخیص کالا بعد از مهلت قانونی و عدم رعایت طبقه بندی و استانداردهای بین‌المللی نگهداری مواد شیمیایی در حادثه انفجار بندر شهید رجایی مقصر شناخته شده‌اند.
  بر اساس قانون آیین دادرسی کیفری، پس از تقدیم نظریه کارشناسی به بازپرس و عدم نیاز به توضیح تکمیلی، نظریه مذکور به مقصرین ابلاغ می‌شود و بسته به اعتراض، عدم اعتراض و حتی پذیرش یا عدم پذیرش اعتراض، ممکن است موضوع به هیات‌های هفت نفره   یا بالاتر ارجاع شود؛ یا با عدم پذیرش اعتراض و اقناع بازپرس، منجر به تصمیم ماهوی یا شکلی شود.