آیت الله سید مجتبی خامنه‌ای، رهبر انقلاب اسلامی در واکنش به انتخاب ایشان به عنوان سومین رهبر انقلاب گفتند: باید وضع و موقف خود در باب رای مجلس محترم خبرگان را مختصراً بیان نمایم. این خادم شما سیدمجتبی حسینی خامنه‌ای همزمان با شما و از طریق سیمای جمهوری اسلامی از نتیجه‌ی رای مجلس محترم خبرگان مطلع شدم. برای بنده تکیه زدن بر جائی که محل جلوس دو پیشوای عظیم‌الشان، خمینی کبیر و خامنه‌ای شهید بوده کاری سخت است. زیرا این کرسی سابقه جلوس کسی را دارا است که بعد از بیش از ۶۰ سال مجاهدت در راه خدا و گذشتن از انواع لذائذ و راحتیها، به گوهری تابناک و چهره‌ای ممتاز نه فقط در عصر حاضر بلکه در طول تاریخ حکمرانان این کشور بدل شده است. هم حیات و هم نوع مرگ او عجین با شکوه و عزّتی ناشی از تکیه به حق بود.