آیتالله شهید سیدعلی خامنهای دو دختر به نامهای بشری و هدی داشتند. شهیده بشری خامنهای که متولد سال ۱۳۵۹ بود، با محمدجواد محمدی گلپایگانی، فرزند حجتالاسلام محمد محمدی گلپایگانی، رئیس دفتر رهبر انقلاب، ازدواج کرد. این ازدواج خاندان خامنهای را با خانواده محمدی گلپایگانی پیوند داد. فرزند دختر حاصل از این ازدواج نیز در حمله تروریستی اسفندماه سال گذشته به شهادت رسیدند.
هدی خامنهای نیز که متولد سال ۱۳۶۰ و کوچکترین فرزند خانواده بود، همسر شهید مصباحالهدی باقریکنی شدند. مصباحالهدی فرزند آیتالله محمدباقر باقریکنی، عضو سابق مجلس خبرگان رهبری و سرپرست پیشین دانشگاه امام صادق(ع)، بود و همچنین برادر علی باقریکنی، رئیس پیشین تیم مذاکرهکننده هستهای ایران، به شمار میرفت. همسر هدی خامنهای در حمله ۹ اسفند به شهادت رسید.