هفتم خرداد ۱۳۵۹ مراسم افتتاحیه نخستین دوره‌ی مجلس شورای اسلامی با حضور مقامات مختلف کشور و نمایندگان راه یافته به مجلس برگزار شد، در ابتدای جلسه، آیت‌الله مهدوی کنی؛ وزیر کشور؛ گزارشی از برگزاری انتخابات مجلس اول در سراسر کشور ارائه کرد. در این انتخابات که با حضور احزاب و جریانهای مختلف سیاسی انجام شد، اکثریت مجلس اول را انقلابیون مذهبی تشکیل می‌دادند و فهرست ائتلاف بزرگ شامل جامعه روحانیت مبارز، حزب جمهوری اسلامی و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی پیروز اصلی انتخابات مجلس اول شدند. در شهر تهران هجده نماینده اول تهران رأیی بالای یک میلیون کسب کردند و فخرالدین حجازی با بیش از یک میلیون و پانصدهزار رأی نفر اول شد. ویژگی مهم  مجلس اول آن بود که شخصیتهای بزرگ انقلاب از تهران و شهرهای مختلف به مجلس راه پیدا کرده بودند و وزن سیاسی و انقلابی این مجلس زیاد بود. 
طبق قانون برای رسمی شدن جلسه، در ابتدا می‌بایست هیأت رئیسه‌ی سنی تشکیل می‌شد و بر این اساس آیت‌الله مهدوی کنی اعلام کرد که دکتر یدالله سحابی رئیس و مهندس مهدی بازرگان نایب رئیس سنی مجلس هستند. در این زمان بود که حجت‌الاسلام و المسلمین صادق خلخالی؛ نماینده قم؛ اعتراض کرد و گفت: 
 «اگر الزامی باشد ما این را قبول می‌کنیم. ما راجع به آقای سحابی حرفی نداریم، ولی راجع به آقای بازرگان اگر از طرف شورای انقلاب الزامی است قبول می‌کنیم و الا قبول نداریم.» آیت‌الله مهدوی کنی پاسخ داد: «مسأله‌ای است که تصویب شده است.» و خلخالی پاسخ داد: «اگر الزامی است قبول داریم.» مهدوی کنی دوباره تأکید کرد که: «به هر حال تصویب شده است». در این زمان تعدادی از نمایندگان با صدای بلند گفتند: « قبول داریم» سپس وزیر کشور سایر اعضای هیأت رئیسه سنی را معرفی کرد تا آنها در جایگاه ریاست مجلس مستقر شوند. 
موضوع اختلاف مهندس بازرگان و شیخ صادق خلخالی به دوره نخست‌وزیری مهندس بازرگان و ریاست دادگاه انقلاب خلخالی بازمی‌گشت. مهندس بازرگان از روش محاکمه‌های انقلابی خلخالی انتقاد می‌کرد و در عوض خلخالی دولت موقت را ضعیف و غیر انقلابی می‌دانست. از همین روی بود که در اولین لحظات تشکیل مجلس اول، خلخالی بار دیگر به این طریق مخالفت خود را با مهندس بازرگان اعلام کرد.
 با مستقر شدن هیأت رئیسه‌ی موقت اولین جلسه‌ی مجلس شورای اسلامی رسمی شد و کار خود را آغاز کرد. پس از چند جلسه بررسی اعتبارنامه نمایندگان، انتخاب هیأت رئیسه‌ی دائم مجلس برگزار شد و نمایندگان آیت‌الله اکبر هاشمی رفسنجانی را به ریاست مجلس شورای اسلامی برگزیدند.