یکی از مقاطع تلخ تاریخی بعد از پیروزی انقلاب اسلامی پذیرش قطعنامه ۵۹۸ است. این اتفاق به قدری تلخ بود که امام خمینی از آن به نوشیدن جام زهر تعبیر کردند. حاج عیسی جعفری خادم امام در بخشی از کتاب خاطرات خود که با عنوان «عیسای روح‌­ الله» توسط موسسه فرهنگی هنری مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است حال و هوای بیت امام در شب پذیرش قطعنامه را این گونه شرح می‌دهد: برخی نزدیکان امام در اواخر جنگ در پی قبولاندن قطعنامه پایان جنگ به امام بودند، نهایتا متنی را آماده و به دفتر امام تحویل دادند. خیلی‌ها می ‌خواستند بروند و کاغذ را خدمت امام بدهند اما جرات نمی ‌کردند. متن تحویل آسید هاشم [رسولی] محلاتی شده بود اما ایشان نتوانسته بود کسی را راضی کند که متن را به امام بدهد. به هر کدام از دفتری‌­ها هم که می‌گویند این را ببرید و به امام بدهید قبول نمی‌کنند. ساعت چهار بعد از ظهر بود که آقای موسوی به من زنگ زد و گفت این را ببر به امام بده و اصلا هم چیزی نگو! 
چون کاغذ باز بود و متن کوتاه ، نگاهی به آن انداختم کلیت این بود که ما دیگر تجهیزات جنگی نداریم و نمی‌توانیم با دشمن مقابله کنیم و از شما می ‌خواهیم که این قطعنامه را قبول کنید. متن را گرفتم و به امام دادم. یادم نیست امضای چه کسی پای آن بود اما به یاد دارم چه کسی بیشتر پیگیر آن بود . 
همان شب دو بعد از نصف شب حاج احمد مرا خواست گفت: امام با ناراحتی قطعنامه را قبول کرده‌اند. وقتی که رفتم امام با درد دل حرف‌هایی زد از جمله مطالبی که یادم هست این بود که گفتند : «حاجی آنهایی که شهید شدند به لقاءالله پیوستند خوشا بحالشان. آنهایی هم که اسیر شدند انشاءالله آزاد می ‌شوند به موطنشان بر می‌گردند. آنهایی هم که جانبازند خدا انشاءالله کمکشان کند و خدا شفایشان بدهد.» بعد از درد دل و بیان اینکه امام با چه ناراحتی قطعنامه را پذیرفته­‌اند، من با حاج احمد آقا نیمه شب چند ساعت تمام گریه کردیم .» 
علی جنتی  نیز در کتاب خاطرات خود که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده است در توصیف حال و هوای جلسه مسئولان نظام بعد از پذیرش قطعنامه ۵۹۸ می‌گوید: از جمله حوادثی که در سال ۶۷ اتفاق افتاد، حملات پی در پی دشمن در جبهه‌های جنگ و پیشروی آنها در فاو و برخی از مناطقی بود که از عراق اشغال شده بود. این در وضعیتی بود که ما از نظر بودجه کسری شدیدی داشتیم. شاید بتوان گفت که در بدترین وضعیت اقتصادی بودیم. وضعیتی پیش آمد که در نهایت به پذیرش قطعنامه از طرف جمهوری اسلامی انجامید. روزی که قطعنامه پذیرفته شد، من ساعت ۹ صبح در ستاد قرارگاه خاتم در دفتر آقای روحانی بودم. ایشان اطلاع داد که امام امروز در ملاقاتی که جناب آقای هاشمی با ایشان داشت، دستور داده‌اند که دیگر جنگ را تمام کنند و قطعنامه ۵۹۸ را بپذیرند. اکنون نیز دارند متنی را تنظیم می‌کنند تا آن را هم به سازمان ملل بدهند و هم از رادیو قرائت کنند. 
قرار شد که این خبر به اطلاع مسئولان رده اول کشور؛ یعنی نمایندگان مجلس و اعضای دولت برسد. بعد از ظهر همان روز، از همه نمایندگان و اعضای کابینه و برخی از شخصیت‌های برجسته کشور دعوت شد که به مجلس شورای اسلامی بیایند. مرحوم حاج احمد آقا هم آمد و پیام امام را درباره چگونگی پذیرش قطعنامه خواند. در این پیام اشاره شده بود که قبول این قطعنامه همچون جام زهری است که می‌نوشم؛ اما با توجه به گزارشی که فرماندهان سیاسی نظامی و مسئولان سیاسی و اقتصادی کشور داده‌اند، احساس کردم که بیش از این نمی‌توانیم به جنگ ادامه بدهیم؛ به این ترتیب قطعنامه را پذیرفتیم. این متن در همان جلسه قرائت شد. 
در ابتدای جلسه وقتی وارد شدم و در محوطه پارلمان نشستم، سکوت عجیبی بر جلسه حاکم بود. گویا نفس‌ها در سینه حبس شده بود و هیچ کسی را یارای صحبت کردن نبود. همه با نوعی تأثر نگاه می‌کردند. ما حس می کردیم که چقدر برای امام این کار مشکل است. امام که فرموده بودند صدام باید برود و این همه شعار «مرگ بر صدام» داده شده بود، اکنون احساس می‌شد که ما در وضعیت ضعف این قطعنامه را قبول می‌کنیم و این کار بسیار مشکلی بود. وقتی پیام امام از جانب حاج احمد آقا قرائت می‌شد، همه گریه می‌کردند، به خصوص در آن بخشی که اشاره شده بود من این را مثل جام زهر می‌نوشم. بعد از آن جناب آقای هاشمی، در مقام فرمانده جنگ، درباره اوضاعی که ما در جبهه‌ها داشتیم و وضعیتی که منجر به پذیرش قطعنامه شده بود، صحبت کرد. جلسه به پایان رسید و پس از آن موضوع از طریق رسانه‌ها اعلام شد.»
 *سایت الف به نقل از پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی