یکی از خبرهایی که در سومین شماره روزنامه اطلاعات در۳۰ تیر سال ۱۳۰۵ منتشر شد، مربوط به توقیف یکی از فرماندهان شرق کشور و آوردنش به تهران برای محاکمه بود. در این خبر آمده است: آقای جان محمدخان فرمانده سابق لشکرشرق که براثر تعدیات زیاد و شکایت با اسناد و مدارکی که ازایشان به حضور اعلیحضرت عرض شده بود و در نتیجه از طرف اعلیحضرت امر به خلع از درجات نظامی و توقیف ایشان صادر گردیده، پس از محاکمه مقدماتی که ازایشان حسب الامراعلیحضرت در محل شده بود، اخیراً برای تکمیل محاکمه تحت‌الحفظ به مرکز اعزام داشته‌اند و نیم ساعت به ظهر ایشان را در حالی که لباس غیرنظامی در برداشته با اتومبیل تحت‌الحفظ وارد مرکز نموده و در ارکان حرب لشکر مرکز توقیف کردند تا قرار محکمه داده شود. 
درباره این خبر در برخی منابع نوشته‌اند: براساس اسناد و مدارکی که درکتابخانه و اسناد ملی کشور موجود است، رضاشاه که به همراه تیمورتاش، سردار اسعد بختیاری ومحمد حسین آیرام برای سرکشی و رسیدگی به وضعیت لشکر خراسان به مشهد سفر کرده بود، روز ۲۴ مرداد ۱۳۰۵ سرتیپ جان محمدخان امیر علایی را در حضور صاحب منصبان خراسان خلع درجه کرد و به زندان فرستاد. 
جان محمدخان فرماندهی لشکر شرق و حکومت نظامی خراسان را به عهده داشت و خشم رضاشاه از او به ماجرای شورای پادگان مراوه تپه و دادخواهی اهالی خراسان از مظالم او باز می‌گشت. سرتیپ جان محمدخان پسر علاءالدوله از رجال سرشناس دوران قاجار بود. او به هنگام کودتای ۱۲۹۹ از افسران قزاقخانه بود و رضا شاه را در ورود به تهران همراهی کرد. جان محمدخان پس از کودتا درجه سرتیپی گرفت و به فرماندهی تیپ اراک منصوب شد.
بنا به نوشته خانم طوبی اردلان، تاریخ والیان مشهد، تاریخ مردان ظالم و خون ریز است. این فهرست که در سیاهه خود، نام‌هایی مانند رکن الدوله و آصف الدوله شاهسون را جای داده بوده است، این بار قرعه فال را به نام سرتیپ جان محمد امیرعلایی می‌خواند. جان محمد خان که در کودتای ۱۲۹۹ رضا شاه در زمره افسران زیر دست میرپنج بود و آجودان احمدشاه، پس از خلع رسمی قاجارها در اسفند ۱۳۰۳ خورشیدی به فرماندهی لشکر شرق منصوب می‌شود و پس از آن هم با سمت شهردار، امور بلدیه را به دست می‌گیرد و به دلیل ظلم و ستم بی مانندش به «فرعون خراسان» معروف می‌شود. جان محمد در طول سال‌های حضور خود در مشهد که قریب به دو سال طول می‌کشد، قدرتمندترین فرد در سراسر خراسان است. مأموران او در بلدیه، آستان‌قدس و ادارات دولتی دست به اخاذی و رشوه گیری می‌زنند و اسباب آزار مردم می‌شوند. بعضی از این مأموران دست نشانده که از اقوام و نزدیکان او محسوب می‌شدند، هر روز در پایان وقت کاری در دفتر او جمع می‌شدند، غنایم به دست آمده را بین خود قسمت می‌کردند. این رفتارها بدون واکنشی از سوی رضا  شاه رخ می‌داده است، به طوری که مشهدی‌ها معتقد بودند او با دستور شاه آمده است تا دمار از روزگار خراسانی‌ها درآورد.